Las propuestas enviadas al Rey de España en el siglo XVII para la creación de una nueva Diócesis, con sede en la ciudad de los “Caballeros del León”, no fueron acogidas, lo mismo sucedió con los Proyectos de Bolívar y los del Congreso de 1832.

En 1864, el gobierno del General Pezzet elevó el proceso al Papa Pío IX, quien con la bula “SINGULARI ANIMI NOSTRI” del 17 de marzo de 1865, erigió la nueva Diócesis por desmembración y como sufragánea del Arzobispado de Lima y comprendiendo como territorio los Departamentos de Huánuco y Junín. Se estableció bajo el patrocinio de la “Santísima Virgen María, en el Misterio de su Inmaculada Concepción, titular de la Iglesia Catedral, y de San Sebastián, Mártir.